Sesuai dengan Juknis PPDB Kota Jayapura Tahun 2024, jumlah peserta didik tingkat SMP dalam satu kelas adalah 32 (tiga puluh dua) peserta didik.

Pada PPDB Tahun ini SMP Negeri 2 Jayapura hanya menerima 8 rombongan belajar (delapan kelas). Dengan pembagian kuota pendaftaran sebagai berikut :